世界，一开始是混沌的。生命的起源，创世神——阿尔宙斯创造了这个世界，存在于世界的另一面暗世界中，暗之魔龙冥王龙也随之诞生。阿尔宙斯创造了空间之神帕鲁奇亚与时间之神帝牙卢卡，代表着宇宙的诞生。为了封印住暗之魔龙的力量，出现了三股新的光芒。它们分别是知识之神由克希、感情之神艾姆利多和意志之神亚克诺姆。就在这时，梦境出现了。代表美梦美梦之神克雷色利亚与代表噩梦的噩梦之神达克莱伊被创造出来了，他们让神奇宝贝拥有了梦。火的代表凤凰与其的三大守护使者，水的代表洛基亚与其的三大守护神鸟，光的代表雷希拉姆、暗的代表捷克罗姆、冰与龙的代表酋雷姆，纷纷出现。高翔于万空之上的天空之龙烈空坐；隐没于海底深处的海之帝王盖欧卡；盘踞于大地的最终王者固拉多，也出现在了这个世界。大地的编造者雷吉奇卡斯，据说是有着能拉动大陆的强大力量，它用岩石、寒冰和钢铁创造出了三只与自己形态相似的神奇宝贝，他们分别是岩神柱、冰神柱和钢神柱。幻兽神奇宝贝也出现了！所有神奇宝贝的初始者梦幻、沉睡于世界某一个角落的千年许愿星吉拉祈、被众神遗弃于宇宙之中而导致变异的异类生物代欧奇稀斯、被时之神所创造，时间与森林的守护者雪拉比、沧海的王子，海之幻兽玛娜菲、两只双胞胎的无限神奇宝贝拉帝欧斯、拉帝亚斯、火山的守护者火山神席多蓝恩、天空的守护者洁米、音乐之神美洛耶塔与三朵强大的云龙卷云、雷电云和土地云、凯路迪欧与三剑士勾帕路翁、代拉基翁和毕力吉翁。最后的最后，便是胜利之神比克提尼！于是，精灵世界便诞生了。